Tsuchiya, J., Mino, S., Fujiwara, F., Okuma, N., Ichihashi, Y., Morris, R. M., Nunn, B. L., Timmins-Schiffman, E. & Sawabe, T. (2024). iScience 27(11), 111074. https://doi.org/10.1016/j.isci.2024.111074

北海道大学大学院水産科学研究院の土屋さん・美野先生・澤辺先生研究チームとの共同研究です。N₂Oを還元する好熱菌において、nosZ遺伝子の発現がCrp/Fnr型転写因子によって制御されていることを、時系列トランスクリプトーム解析で示しました。私はN₂O還元に関連する転写因子をデータから推定するための因果推論（構造方程式モデリング; SEM）の部分を主に担当しました。

Kuchikata, H., Sano, M., Fujiwara, F., Murashima, K., Kumaishi, K., Narukawa, M., Nose, Y., Kobayashi, M., Hamamoto, S., Kobayashi, N. I., Sugiyama, A., Nihei, N., Ichihashi, Y., & Kusano, M. (2024). Scientific Reports 14, 20541. https://doi.org/10.1038/s41598-024-70873-x

筑波大学大学院（当時）の朽方さんを筆頭にまとめたムーンショット・プロジェクトの成果論文です。大豆の存在が農地土壌の揮発性代謝物（VOC）プロファイルと他の土壌オミクス（微生物・化学性）に強く結びついていることを明らかにしました。私は微生物データの解析と、VOCsと各オミクスデータとの関連性解析を担当しました。

Fujiwara, F., Miyazawa, K., Nihei, N., & Ichihashi, Y. (2022). Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 87(1), 21-27. https://doi.org/10.1093/bbb/zbac191

マルチオミクスデータを活用した植物-微生物相互作用の理解と農業への応用（農業生態系エンジニアリング）についてまとめた査読ありレビュー論文です。私が初めて筆頭著者として書いた学術誌論文でもあります。

Suzuki, K., Abe, M. S., Kumakura, D., Nakaoka, S., Fujiwara, F., , Miyamoto, H., Nakaguma, T., Okada, M., Sakurai, K., Shimizu, S., Iwata, H., Masuya, H., Nihei, N., Ichihashi, Y. (2022). International Journal of Environmental Research and Public Health, 19(3), 1228. https://doi.org/10.3390/ijerph19031228

理研ハッカソン2021にて行われた解析ハッカソンの成果論文です。化学物質を介した微生物間相互作用がある場合、従来の時系列に基づく相互作用ネットワーク推定手法では精度が低下する可能性を示しました。私は相関ネットワークなどの因果推論手法の解析の一部を担当しました。