Fujiwara Fuki

Works

論文

Tsuchiya, J., Mino, S., Fujiwara, F., Okuma, N., Ichihashi, Y., Morris, R. M., Nunn, B. L., Timmins-Schiffman, E. & Sawabe, T. (2024)

Time course transcriptomic profiling suggests Crp/Fnr transcriptional regulation of nosZ gene in a N2O-reducing thermophile.

iScience 27(11), 111074

https://doi.org/10.1016/j.isci.2024.111074

#脱窒 #遺伝子発現 #熱水噴出孔 #構造方程式モデリング

北海道大学大学院水産科学研究院の土屋さん・美野先生・澤辺先生研究チームとの共同研究です。N₂Oを還元する好熱菌において、nosZ遺伝子の発現がCrp/Fnr型転写因子によって制御されていることを、時系列トランスクリプトーム解析で示しました。私はN₂O還元に関連する転写因子をデータから推定するための因果推論（構造方程式モデリング; SEM）の部分を主に担当しました。

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Kuchikata, H., Sano, M., Fujiwara, F., Murashima, K., Kumaishi, K., Narukawa, M., Nose, Y., Kobayashi, M., Hamamoto, S., Kobayashi, N. I., Sugiyama, A., Nihei, N., Ichihashi, Y., & Kusano, M. (2024)

Soil volatilomics uncovers tight linkage between soybean presence and soil omics profiles in agricultural fields.

Scientific Reports 14, 20541

https://doi.org/10.1038/s41598-024-70873-x

#VOC #揮発性有機化合物 #マルチオミクス

筑波大学大学院（当時）の朽方さんを筆頭にまとめたムーンショット・プロジェクトの成果論文です。大豆の存在が農地土壌の揮発性代謝物（VOC）プロファイルと他の土壌オミクス（微生物・化学性）に強く結びついていることを明らかにしました。私は微生物データの解析と、VOCsと各オミクスデータとの関連性解析を担当しました。

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Fujiwara, F., Miyazawa, K., Nihei, N., & Ichihashi, Y. (2022)

Agroecosystem engineering extended from plant-microbe interactions revealed by multi-omics data.

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 87(1), 21-27

https://doi.org/10.1093/bbb/zbac191

#農業生態系 #マルチオミクス #因果探索 #機械学習

マルチオミクスデータを活用した植物-微生物相互作用の理解と農業への応用（農業生態系エンジニアリング）についてまとめた査読ありレビュー論文です。私が初めて筆頭著者として書いた学術誌論文でもあります。

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Suzuki, K., Abe, M. S., Kumakura, D., Nakaoka, S., Fujiwara, F., , Miyamoto, H., Nakaguma, T., Okada, M., Sakurai, K., Shimizu, S., Iwata, H., Masuya, H., Nihei, N., Ichihashi, Y. (2022)

Chemical-mediated microbial interactions can reduce the effectiveness of time-series-based inference of ecological interaction networks.

International Journal of Environmental Research and Public Health, 19(3), 1228

https://doi.org/10.3390/ijerph19031228

#微生物 #ネットワーク #生態系 #時系列解析

理研ハッカソン2021にて行われた解析ハッカソンの成果論文です。化学物質を介した微生物間相互作用がある場合、従来の時系列に基づく相互作用ネットワーク推定手法では精度が低下する可能性を示しました。私は相関ネットワークなどの因果推論手法の解析の一部を担当しました。

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口頭発表

Fujiwara, F., Hamamoto, S., Kobayashi, N. I., Murashima, K., Maruyama, H., Matsunami, H., Fujita, Y., Nagasuga, K., Sakai, M., Abiko, T., Nihei, N., & Ichihashi, Y. (2024)

Soybean yield prediction using hybrid model approach.

The International Symposium on One Health by Sustainable Bio-ecosystem（Tokyo）

https://www.microbe-soil.sci.waseda.ac.jp/en/2024/08/25/329/

Fujiwara, F., Furuta, M., Tokuda, S., Asano, T., Takemoto, M., Yamatomo, A., Miyazawa, K., Sudo, S., & Kishimoto-Mo, A. W. (2024)

Reducing N2O emissions in agricultural soil by incorporating three types of biochar into cattle manure-based fertilizers.

Centennial Celebration and Congress of the International Union of Soil Sciences (IUSS) 2024（フィレンツェ、イタリア）

Fujiwara, F., Yamazaki, S., Chang, J. C., Komatsu, T. S., Okuma, N., Nihei, N., & Ichihashi, Y. (2024)

Prediction of soil information using 16S rRNA and machine learning in Japanese agricultural fields.

Centennial Celebration and Congress of the International Union of Soil Sciences (IUSS) 2024（フィレンツェ、イタリア）

Fujiwara, F.(2023)

Exploratory Causal Analysis in Agroecosystem using Field Omics Data.

Tukuba Conference 2023（Tsukuba）招待講演

https://tsukuba-conference.com/sessions/c08

藤原風輝, 二瓶直登, 福島敦史, 鈴木健大, 清水昌平, 菊地淳, 松本朋子, 成川恵, 菅波眞央, 宮沢佳恵, 市橋泰 (2023)

農業生態系のマルチオミクス解析による生育と品質のトレードオフの解消

第64回日本植物生理学会年会（仙台）口頭発表

Fujiwara, F., Nihei, N., Fukushima, A., Suzuki, K., Shimizu, S., Kikuchi, J., Matsumoto, Y., Miyazawa, K., & Ichihashi, Y. (2022)

Field multi-omics analysis using causal discovery method reveals agroecological interactions that improve vegetable yield and quality.

International Horticultural Congress 2022 (アンジェ、フランス）ポスター発表

https://app.ihc2022.org/event/ihc-2022/planning/UGxhbm5pbmdfOTY0NTI4

特許

藤原風輝・市橋泰範・二瓶直登

植物の糖度を向上させるための組成物、糖度向上植物体を生産する方法。植物の糖度向上方法、及び植物の糖度向上作用を有する栽培用培地組成物

特願2024-101029, 2024年6月24日出願

Misc

藤原風輝・徳田進一・岸本文紅

2-4-4 バイオ炭入り複合肥料を使ったレタス栽培と一酸化二窒素発生の抑制

『バイオ炭の農業利用事例とその活用ガイドブック』, 脱炭素に向けた農林業環境研究コンソーシアム編, 2025年3月

藤原風輝・市橋泰範

第14章マルチオミクスを用いたバイオスティミュラントの研究開発

『バイオスティミュラントの開発動向と展望』, 日本バイオスティミュラント協議会監修, シーエムシー出版, 2024年10月

藤原風輝・二瓶直登・市橋泰範

農業デジタルツインによるGX

アグリバイオ2024年1月号, 2024年1月

講演

藤原風輝. つくばちびっ子博士2023『土の中の小さな生き物たちの世界をのぞいてみよう』2023年8月10日

藤原風輝. 鶴岡市農林水産部農政課主催『有機農業一般公開講座「有機」の土壌肥料、病害虫対策』2022年11月18日

藤原風輝. 鶴岡市農林水産部農政課主催『有機農業一般公開講座農薬使用削減に向けた栽培技術と近年の研究事例』2021年12月9日

Fujiwara Fuki

論文

口頭発表

特許

Misc

講演

Fuki Fujiwara